1、当前场外交易市场的交易机制还比较单一，导致市场的流动性无法获得提高。 对比国外资本市场及场内资本市场的运行规律，做市商制度是多被采用的交易机制。 整体来看，我国区域性股权交易市场的交易机制总体较为单一，多数采用的是协议转让交易方式。 
 
2、相较于场内资本市场，场外市场中的挂牌企业在转让股份价格一般较高，同时，区域性股权交易市场投资者以机构投资者为主，投资者数量和规模还有待进一步扩大，这导致该市场内的交易相对不活跃。 
 
3、在区域性股权交易市场挂牌的企业多是小微企业，领域多，数量多，且企业质量参差不齐，就投资者而言很难或者说需要花费太多精力甄别优质企业，投资难度大。
 
4、现在投资渠道众多，从监管和披露信息的完整性来看，无疑首选主板、中小板、创业板。股权交易市场活跃不活跃，并不取决于当地政府的鼓吹和推动，而是资本起决定性作用，而资本首先是逐利的，并且要求快速兑现，就这一点就可以干掉众多区域性股权市场挂牌企业了。
 
5、新四板乃至新三板僵尸企业多（无法融到钱，没有交易额），每天交易额甚至还赶不上创业板一个小公司。
 
6、投资者进入门槛相对较高，风险相对较高。
 
7、市场制度缺陷（非公开市场的不平衡；融资功能有限）。 
 
8、运作机制缺陷（高度行政化易导致竞争无序、监管低效；交易制度受限）。
 
9、四板人才有限。